目前，很多男性专科医院都打着专业看男科的旗帜在宣传，而很多前列腺炎患者也相信专科医院比小诊所甚至是综合性医院要好，这种观点不能说是误解，但确实是很片面的。
首先，一病牵百病，无论是看前列腺炎还是其他男科疾病往往要涉及到众多科目的检查治疗，无论是男科还是妇科，其治疗时并不是完全孤立的，很多时候要不同科室配合检测治疗，方能起到最佳的治疗效果。比如前列腺炎，治疗时往往不是治疗前列腺炎症这么简单，通过检查确诊，往往会连带出一些其他疾病，如阳痿、早泄等，在治疗时，就必须要借助其他科室专家的配合。面对这些要求，专科医院在治疗时往往难以做到。
其次，看男科，有时也要看妇科，赤峰男性医院专家万全福教授指出，许多男性朋友在治疗前列腺炎等疾病时，发现疾病经常反反复复，无法根治，这有可能是因为治疗技术的选择不当，也有可能是女方的问题，协和一直倡导夫妻“同诊同治”，特别是可能涉及到孕育方面的疾病，男女双方应该同时进行检查治疗，防止出现一方治愈，而另一方传染的情况。这时，综合性医院的优势就显露出来，专科医院就爱莫能助了。
再次，专科医院实力有限，由于专科医院是针对特定的患者群体，无法带来较高的治疗收入，必然导致资金投入出现不足，从而缺少一些大型医疗设备和权威专家，疗法只能以现有设备为基础，而不是以患者为出发点，这一做法，既是无奈的，又是必然的。在宣传时，有些专科医院往往过于夸大自身技术设备的先进性，而忽视了自身所具有的真实实力，这是极不负责任的。
最后，专科医院无法保护患者隐私，许多男性患者看病时更愿意到综合性医院就诊，理由很简单：到男科医院看病怕被朋友误会，容易被朋友取笑“是不是那方面不行了”，觉得很没面子，隐私难以得到确切的保护。也许在医生眼里这不算是问题，但是在很多患者眼里，这真的是一个大问题。
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